El programa bilingüe tiene unas características singulares que le hacen único en Cantabria. Desde el curso 2007/2008, este programa se extiende a todos los cursos de la ESO y se le da continuidad en el bachillerato. El programa sigue las directrices generales que se especifican por parte de la Consejería de Educación con una carga lectiva específica afectando a una parte importante del currículo (materias de Ciencias de la Naturaleza, Geografía e Historia, Física y Química, Biología y Geología, Educación Física y Música son en inglés). El IES Cantabria está vinculado al convenio o programa del MEFP/ British Council. El profesorado cuenta con acreditación correspondiente en lengua inglesa para impartir las diferentes asignaturas, además de una asesora lingüística nativa. Al finalizar el mismo, el alumnado podrá certificar su aprovechamiento a través de las pruebas de idioma del British Council.
Las familias que deseen matricular a sus hijos en el programa bilingüe del instituto, en cualquiera de los cursos de la ESO, deben ponerse en contacto con Jefatura de Estudios o a través de la conserjería del centro donde tomarán nota se su solicitud para realizar la prueba de acceso (destrezas lingüísticas básicas de comprensión y expresión oral y escrita), que este año se desarrollará el día 25 de febrero a las 16h en el propio centro. Posteriormente, el departamento de inglés comunicará los resultados de manera que las familias puedan realizar el trámite de escolarización solicitando el centro conforme al calendario de escolarización para el próximo curso escolar. El alumnado procedente de los programas bilingües de los colegios Eloy Villanueva, Cabo Mayor y Las Dunas NO tienen que hacer la prueba pues el programa es la continuidad a los estudios iniciados en primaria.
Toda la información relativa al proceso de escolarización la podrán encontrar en el portal educativo de la Consejería de Educación y Formación Profesional y en la web del centro donde se publicarán las principales fechas relativas al mismo o las dudas que pudieran tener través del correo electrónico jefaturaestudios@iescantabria.es.